การดำเนินงานโครงการ ภายใต้ 3 กรอบการดำเนินงาน 8 กิจกรรมของ อพ.สธ. ดังนี้

1. กรอบการเรียนรู้ทรัพยากร

         เพื่อพัฒนาและเพิ่มประสิทธิภาพการดำเนินงาน ด้านการพัฒนา ด้านการบริหารจัดการ และด้านปกปักทรัพยากรของประเทศ จึงต้องมีการเรียนรู้ ทรัพยากร ในพื้นที่ป่าธรรมชาติดั้งเดิมที่ปกปักรักษาไว้ ประกอบด้วยการดำเนินงาน 3 กิจกรรม ได้แก่

กิจกรรมที่ 1

         กิจกรรมปกปักทรัพยากร เพื่อปกปักรักษาพื้นที่ป่าธรรมชาติ ของหน่วยงานที่ร่วมสนองพระราชดำริ ทั้งหน่วยงานภาครัฐ และเอกชนที่มีพื้นที่ป่า ดั้งเดิมอยู่ใน ความรับผิดชอบ โดยไม่มีนโยบายจะเปลี่ยนแปลงสภาพพื้นที่ แต่จะต้องเป็นพื้นที่นอกเหนือจากพื้นที่ ของกรมป่าไม้ และกรมอุทยานแห่งชาติสัตว์ป่าและพันธุ์พืช หรือจะต้องไม่เป็นพื้นที่ที่มีปัญหากับราษฎร โดยเด็ดขาด โดยพื้นที่ของกรมป่าไม้และกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืชทางกรมฯ สามารถนำมาสนองพระราชดำริตาม ความเหมาะสม

กิจกรรมที่ 2

         กิจกรรมสำรวจเก็บรวบรวมทรัพยากร เพื่อสำรวจและเก็บรวบรวม ทรัพยากร ในพื้นที่ที่ทราบแน่ชัดวากำลังจะเปลี่ยนแปลงจากสภาพเดิม เช่น จากปากลาย เป็นสวน พื้นที่ตามเกาะต่าง ๆ ที่จะกลายสภาพเป็นพื้นที่ทองเที่ยว พื้นที่ที่เร่งในการสร้างถนนและสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ เป็นต้น ภายใตรัศมีอย่างน้อย 50 กิโลเมตร ของหน่วยงานที่ร่วมสนองพระราชดำริ โดยใหพิจารณา ความพร้อมและศักยภาพของหน่วยงานที่เป็นแกนกลางดำเนินงานในแต่ละพื้นที่เป็นสำคัญ ทั้งนี้รวมถึง การสำรวจและเก็บรวบรวมทรัพยากร ในพื้นที่ที่อาจจะกำลังเปลี่ยนแปลงหรือไม่ก็ได้ แต่เป็นคนละพื้นที่ กับพื้นที่ปกปักพันธุกรรมพืชและทรัพยากรในกิจกรรมที่ 1

กิจกรรมที่ 3

         กิจกรรมปลูกรักษาทรัพยากร เพื่อนำทรัพยากรที่มีค่า ใก้ลสูญพันธุ์ หรือต้องการเพิ่มปริมาณเพื่อนำมาใชประโยชนจากพื้นที่ในกิจกรรมที่ 1 และ 2 ทำการคัด เลือกมา เพื่อดำเนินงานเป็นกิจกรรมต่อเนื่อง โดยการนำพันธุ์กรรมทรัพยากรชีวภาพต่าง ๆ ไปเพาะพันธุ์ปลูก เลี้ยง และขยายพันธุ์เพิ่มในพื้นที่ที่ปลอดภัย เรียกว่า พื้นที่ปลูกรักษาทรัพยากร พร้อมทั้ง ส่งเสริมให้เพิ่ม พื้นที่แหล่งรวบรวมพันธุ์ทรัพยากรตามพื้นที่ของหน่วยงานต่าง ๆ และยังมีการเก็บรักษาในรูปเมล็ด เนื้อเยื่อ และสารพันธุ์กรรม (ดีเอ็นเอ) ในห้องปฏิบัติการฯ ของหน่วยงานต่าง ๆ รวมถึง ในธนาคารพืช พรรณ อพ.สธ. สวนจิตรลดา และศูนย์อนุรักษพันธุ์กรรมพืช อพ.สธ. คลองไผ่

2. กรอบการใช้ประโยชน์

         เพื่อพัฒนาและเพิ่มประสิทธิภาพการดำเนินงานศึกษาวิจัยและ ประเมินศักยภาพของทรัพยากรต่างๆ ในโครงการ อพ.สธ. ทั้งในด้านการพัฒนาและการ บริหารจัดการ ให้การดำเนินงานเป็นไปในทิศทางเดียวกันและเอื้ออำนวยประโยชน์ต่อกัน รวมทั้งพัฒนาระบบข้อมูลสารสนเทศโครงการ อพ.สธ. ให้เป็นเอกภาพ สมบูรณ์และเป็นปัจจุบัน โดยบรรลุจุดมุ่งหมายตามแนวพระราชดำริ ประกอบด้วยการดำเนินงาน 3 กิจกรรม ได้แก่

กิจกรรมที่ 4

         กิจกรรมอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ทรัพยากร เพื่อศึกษาและประเมินศักยภาพพันธุกรรมพืชและทรัพยากรอื่นๆ ที่สำรวจเก็บรวบรวมและปลูกรักษาไวจาก กิจกรรมที่ 1 - 3 และเพื่อการอนุรักษและใชประโยชนทรัพยากรทั้งสามฐานทรัพยากร มีการวางแผนและดำเนินการวิจัย ศักยภาพของทรัพยากรต่าง ๆ นำไป สู่การพัฒนาพันธุพืช พันธุสัตว์ สายพันธุจุลินทรีย์ ตามแนวพระราชดำริและมีแนวทางนำไปสู่การอนุรักษและใชประโยชน์ได้

กิจกรรมที่ 5

         กิจกรรมศูนย์ข้อมูลทรัพยากรเพื่อใหเกิดฐานขอมูลทรัพยากรของประเทศ โดยศูนย์ข้อมูลทรัพยากร อพ.สธ. สวนจิตรลดา รวมกับหนวยงานที่รวม สนองพระราชดำริ บันทึกขอมูลของการสำรวจเก็บรวบรวมการศึกษาประเมินการอนุรักษ์ และการใช้ประโยชนทรัพยากรทั้งสามฐาน เพื่อเป็นฐานข้อมูลและ มีระบบที่เชื่อมต่อถึงกันไดทั่วประเทศเป็นขอมูลเพื่อนำไปสู่ การว่างแผนพัฒนาพันธุพืชและทรัพยากรต่างๆโดยที่ อพ.สธ. เป็นที่ปรึกษา

กิจกรรมที่ 6

         กิจกรรมวางแผนพัฒนาทรัพยากร เพื่อเป็นกิจกรรมที่นำฐานข้อมูลจาก กิจกรรมที่ 5 มาใช้ในการพิจารณาศักยภาพของพันธุ์พืช พันธุสัตว์สาย พันธุจุลินทรียฯลฯ

3. กรอบการสร้างจิตสำนึก

         เพื่อให้นักเรียนนิสิตนักศึกษาและบุคคลทั่วไป ได้มีความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับพืชพรรณไม้ และการอนุรักษ์พันธุ์กรรมพืชของประเทศ จนตระหนัก ถึงความสำคัญ อย่างยั่งยืน และประโยชน์ของการอนุรักษ์ทรัพยากรที่ก่อให้เกิดประโยชน์ต่อมหาชนชาวไทย ประกอบด้วยการ ดำเนินงาน 2 กิจกรรม ได้แก่

กิจกรรมที่ 7

         กิจกรรมสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์ทรัพยากร เพื่อให้เยาวชน ประชาชนชาวไทย ให้เข้าใจถึงความสำคัญและประโยชน์ของทรัพยากรทั้งสาม ฐาน รู้จักหวงแหน รู้จักการนำไปใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน ซึ่งมีความสำคัญต่อการจัดการการอนุรักษ์และใช้ทรัพยากรของประเทศอย่างยั่งยืน และเพื่อ ให้หน่วยงานที่ร่วมสนองพระราชดำริ วางแผนและขยายผลเพื่อนำ แนวทางการสร้างจิตสำนึกในการรักษาทรัพยากรของ อพ.สธ. ดำเนินงานตาม ยุทธศาสตร์ของหน่วยงานนั้น ๆ

กิจกรรมที่ 8

         กิจกรรมพิเศษสนับสนุนการอนุรักษ์ทรัพยากร เพื่อเปิดโอกาสให้หน่วยงานต่างๆ ทั้งภาครัฐและเอกชน และเพื่อเปิดโอกาสให้เยาวชนและ ประชาชนได้สมัครเขามาศึกษาหาความรู้เกี่ยวกับ ทรัพยากรธรรมชาติในสาขาตางๆ ตามความถนัดและสนใจ โดยมีคณาจารย์ผู้เชี่ยวชาญ ในแต่ละสาขา ให้คำแนะนำ และใหแนวทางการศึกษา โดยจัดตั้งเป็นชมรมนักชีววิทยา อพ.สธ. นอกจากนี้ เพื่อรวบรวม นักวิจัย นักวิชาการ คณาจารย์ผู้เชี่ยวชาญจากทั้งภาครัฐและเอกชน เป็นอาสาสมัครและเข้ามาทำงาน ตามแนวทางการดำเนินงานในกิจกรรมของ อพ.สธ. โดยจัดตั้ง เป็นชมรมคณะปฏิบัติงานวิทยาการ อพ.สธ. ซึ่งจะเป็นผู้นำในการถ่ายทอดความรู้และสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษทรัพยากรของประเทศ ใหแก่ เยาวชนและประชาชนชาวไทยต่อไป พร้อมทั้งเพื่อสนับสนุนองค์กรปกครองส่วนทองถิ่น เทศบาล ตำบล เทศบาลเมือง ให้ดำเนินงานรับสมัคร สมาชิกเขามาในงานฐานทรัพยากรทองถิ่น